在企业集团和内部资本市场中，一方面我们要看到企业集团来自统一战略目标下产生的整合优势，另一方面也要看到来自于母公司等外部力量可能给受到其支配的子公司所带来的不利影响，从而影响到子公司的少数股东以及债权人的利益。由于企业集团的复杂性，使企业集团的治理活动超越了企业的法人边界，所以作为集团母公司的诸利益相关者，不仅包括母公司的股东、债权人、供应商、而且包括子公司、关联公司的股东、债权人等。因此，在企业集团的治理中，母公司作为其股东利益的代表者，依其支配地位来对子公司进行治理，子公司的行为要体现母公司的意志，同时还要能够充分保护集团各利益主体的利益。因此企业集团内外普遍存在的关系是各种利益相关者之间（母子公司之间、子公司之间、企业集团与外部利益主体之间）的相互联系、相互依存关系。

（一）母子公司之间的利益冲突

目前无论是在理论界还是在实务界，有关企业集团的母子公司之间的法律与管理地位，集权与分权关系上的认识和做法仍是处于混乱状况。一方面有些集团母公司过分放权给子公司，结果会导致许多企业集团的母公司在向子公司提供资金和信誉支持的同时，几乎失去了对子公司的有效控制，在企业集团内部各子公司出现了投资失控，经营无序的混乱局面，严重削弱了企业集团整体功能的发挥。另一方面，控股公司处于母公司的地位，具有支配作用，子公司则处于被支配地位，必须服从母公司的领导。有时，控股公司为了整个集团的利益，做出的一些决策不仅不能使子公司的利益最大化，而且还有损于子公司的利益，这样子公司本身自主性和利益就受到限制。例如：在中国的改革初期，由政府“拉郎配”所形成的国有企业集团中，将许多低效和经营差的企业捆绑给优质企业，结果造成了内耗的黑洞，不但没有改善低效企业的经营业绩，反而拖垮了原来的优质企业。

（二）股东之间的冲突

在母子型企业集团中，母公司往往由大股东独资或绝对控股，而它又在附属子公司中掌握着绝对的控制权，所以在这类集团中股东之间的冲突主要是控股大股东和子公司中小股东之间的利益冲突。最典型的是金字塔形的企业集团，位于金字塔最顶端的控股大股东往往是通过层层控股、交叉持股和双层股权制等方式，在子公司中以较少的现金流权却获得了较大的控制权。在这种情况下，当大股东具有侵害动机时，很容易通过关联交易等形式将子公司的资源转出到对控股股东有利而对小股东不利的其他地方去，这就是所谓的“隧道效应”。

“隧道效应”已经被证实在东南亚等新兴市场中广泛存在。在这些市场中，企业集团往往是一些由一个或几个家族控股的金字塔结构，再加上对投资者保护不力的外部制度环境，造成了集团内部大股东对小股东利益的严重侵害。有些学者将此归为该地区集团企业绩效低下和东南亚金融危机爆发的内在根源。这种现象在我国上市公司中也表现得很明显，由于历史的原因，我国上市公司大多脱胎于原有的大型国有企业，股权结构较为集中，控股大股东一般为原来的集团母公司。它操纵着上市公司的经营管理，虚构财务指标，通过种种关联交易将资源从上市公司中输出，严重侵害了广大流通股股东的利益，也导致了我国股票市场的长期低迷。