企业重组审计中的税收问题表现在两个不同的方面：

（一）企业重组审计中对税项的检查

在会计报表审计中，“应交税金”是资产负债表内的一个负债项目，“所得税”、“主营业务税金及附加”是利润表内的重要组成项目，“税项”是企业会计报表附注中应予披露的一项内容，对纳税情况的检查和关注自然也是注册会计师的重要审计内容。特别是当报告期内企业存在重大重组活动时，在会计核算中可能以账面价值为基础进行相关会计核算，而税法可能要求确认计税收入或应税所得，并按税法规定确定计税成本等，那么，注册会计师应对重组事项涉及税收处理的合法性和正确性予以必要的检查和关注。

另外，一些法律法规中对重组企业报送的财务会计资料中的涉税情况会有特定的要求，也相应地产生了注册会计师在这方面进行专项检查或关注的要求和责任。例如，在中国证监会《股票发行审核标准备忘录第4号--关于公开发行证券的公司发行申请文件中申报财务资料的若干要求》中，要求发行人提供近三年及最近一期发行人（股份公司设立前为原企业）的所得税纳税申报表。发行人应出具主要税种的期初未交数、已交税额、期末未交数、有关税收优惠的详细说明，以及享受税收优惠或财政补贴的证明文件及申报会计师出具的鉴证意见。发行人应提供主管税收征管机构出具的报告期内是否存在税收违规的证明。

（二）审计调整结果的纳税处理

在前述的三类调整事项中，企业结构变动调整和会计政策调整不影响报告期的纳税调整。首先，模拟的会计主体不能改变按照税法规定所确定的纳税人主体，模拟编制的会计报表也不能改变纳税人的纳税申报表。其次，企业重组前的税收政策是依法统一确定的，企业选择的会计政策如果与税收政策不一致的，纳税时必须以税收政策为准。所以，不论重组企业如何对会计政策进行追溯调整，它也不影响业已产生的计税结果。

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